Поливането е една от основните задачи за отглеждане на бонсай растения. Поливането изглежда просто, но не е лесно да се поливат правилно. Поливането трябва да се извършва според вида на растението, сезонните промени, периода на растеж, периода на цъфтеж, периода на покой и метеорологичните условия на растението. Овладяването на времето и количеството поливане е много важно за растежа на растенията. Смъртта на някои бонсай растения е пряко свързана с неправилното поливане.

В допълнение към снабдяването с вода и хранителни вещества на саксийните растения, почвата за саксии също така поддържа нормалното дишане на растенията с въздух. Когато почвата за саксии е достатъчно влага, почвените частици се разширяват, изстисквайки въздуха в празнините между частиците, което води до липса на въздух в почвата; когато почвата за саксии е суха или относително суха, почвените частици се свиват, обемът им намалява и отново се появяват празнини между частиците. Празнините се запълват с въздух.

С промяната на почвата между суха и влажна, въздухът в саксията също циркулира непрекъснато, позволявайки на корените на растението да дишат нормално. След всяко поливане корените на растението ще могат да понесат липсата на кислород в саксията за кратък период от време. Ако обаче саксията е твърде влажна за дълго време, това ще доведе до дългосрочна липса на кислород, което ще причини ерозия на корените и други заболявания; ако почвата е суха за дълго време, въпреки че в саксията има достатъчно кислород, растенията не могат да абсорбират вода за дълго време, което също е вредно за растежа на растенията и дори може да доведе до тяхната смърт. Ето защо, когато поливате бонсай растения, трябва да се спазва принципът „не ги поливайте, когато са сухи, поливайте ги обилно“.

Недостатъчното поливане и дехидратацията на растенията ще доведат до увяхване и окапване на клонките, а листата ще изсъхнат, пожълтят и ще опадат. При иглолистните видове игличките ще омекнат и ще загубят здравия си и бодлив вид. При силен недостиг на вода, кората на клонките се свива като настръхване. Ако се сблъскате с тази ситуация през лятото, незабавно преместете растението на сенчесто място. След като температурата падне, първо напръскайте листата с вода, след това налейте малко вода в саксията и след един час излейте обилно водата.

При силно дехидратирани растения, не поливайте достатъчно наведнъж, защото когато растението е силно дехидратирано, кореновата кора се е свила и е близо до ксилема. Ако внезапно се подаде голямо количество вода, кореновата система ще се разшири поради бързото абсорбиране на вода, което ще доведе до разкъсване на кората и смърт на растението, така че е необходим постепенен процес на адаптация. След като растенията, които изпитват сериозен недостиг на вода, преминат през горното третиране, най-добре е да ги държите под сянка за няколко дни и след това да ги култивирате на слънце, след като станат силни. Не преполивайте обаче. Освен че причинява стръмен растеж на растенията, което влияе върху формата и декоративната им стойност, прекомерното поливане може лесно да причини гниене на корените и смърт. Миниатюрните саксии за бонсай изискват по-малко почва, така че е особено важно да се поливат в точното време и в точното количество.